Как правильно клонировать ESXi описано здесь
Если клонировать обычно, то получаются продублированные UUID datastore. Чтобы изменить UUID нужно сделать следующее:
Посмотреть и выбрать нужное хранилище:
ls -al /vmfs/volumes/
Посмотреть информацию о partitions по нужному хранилищу:
vmkfstools -P /vmfs/volumes/datastore1/
Размонтировать хранилище:
esxcli storage filesystem unmount -l datastore1
И заново смонтировать
/usr/sbin/vmkfstools -C vmfs5 -b 1m -S esxi-1b-ds /vmfs/devices/disks/mpx.vmhba1:C0:T0:L0:3
где esxi-1b-ds – новое название хранилища